Salles permanentes
Le Trésor de l'Eglise St-Pierre, avec notamment trois chefs-d'œuvre de la fin du XVe siècle dus à l'orfèvre bâlois Georges Schongauer, constituent l'ensemble d'orfèvrerie gothique le plus important du Jura. Cet important fonds d'objets liturgiques est regroupé dans la «salle du Trésor», avec des objets gothiques, baroques et historicisants.
Le cabinet des estampes, la collection photographique d'Albert Perronne (plus de 28'000 documents), le fonds lithographique de l'Imprimerie Frossard ou encore la collection et bibliothèque Jean Gressot montrent la région jurassienne et ses artistes sur plusieurs types de supports.
La salle dédiée à l'horlogerie (Fonds Georges Juillard et Raymond Beaumann), tout comme l'atelier des pierristes, mettent en relief une industrie très importante pour la région de Porrentruy.
