Le Trésor de l’Eglise St-Pierre, avec notamment trois chefs-d’œuvre de la fin du XVe siècle dus à l’orfèvre bâlois Georges Schongauer, constituent l’ensemble d’orfèvrerie gothique le plus important du Jura. Cet important fonds d’objets liturgiques est regroupé dans la « salle du Trésor », avec des objets gothiques, baroques et historicisants.

Un cabinet des estampes, une salle dédiée à l’horlogerie (Fonds Georges Juillard), la collection photographique d’Albert Perronne (plus de 28'000 documents), le fonds lithographique de l’Imprimerie Frossard ou encore la collection et bibliothèque Jean Gressot tout comme la salle des pierristes font de l’exposition permanente du MHDP un caléidoscope de l’histoire de la région.