L’objet majeur de la collection permanente est sans conteste la pharmacie de l’Hôtel-Dieu, dont l’emplacement figure déjà sur les plans de l’architecte Pierre-François Paris vers 1765.

Superbement aménagée par l’ébéniste Jean-Baptiste Carraz en 1846, cette pièce témoigne de l’ancienne structure hospitalière. Elle se décline en cinq rangées d’étagères supportant quelque 240 bocaux et pots en verre ou en porcelaine. Plus bas, quatre rangées de tiroirs mentionnent toutes les essences nécessaires à la préparation des médicaments.

Les essences utilisées sont l’érable, le chêne, le pin et le sapin. Les tiroirs sont en bois de prunier, les étiquettes en bois d’ébène encadrées de deux filets en bois d’amarante.

Au centre de la pièce se trouve une table de travail avec plateau en marbre où figure un pélican, symbole de la charité chrétienne.

Cette pharmacie a été utilisée par les sœurs hospitalières jusqu’en 1956, date où le bâtiment de l’Hôtel-Dieu est désaffecté suite à la construction d’un nouveau complexe hospitalier en haut de la ville.