Le Musée de l’Hôtel-Dieu conserve la mémoire de l’industrie régionale, en particulier d’importants témoins de la riche activité horlogère ajoulote.

La présence d’une Ecole d’horlogerie en ville de Porrentruy dès 1884 fait de la cité le pôle horloger le plus septentrional de la Suisse. On peut ainsi voir dans la salle d’horlogerie du MHDP un régulateur de précision réalisé en 1901 par les maîtres et les élèves de l’Ecole d’horlogerie de Porrentruy.

En 1983, une important donation fait entrer 580 montres manufacturées à Porrentruy, de même que des pièces d’outillage, des machines et de la documentation. Après avoir déposé son bilan en 1973, la mémoire de l’entreprise Juillard a ainsi rejoint les collections du MHDP et de nombreux témoins sont exposés dans la salle d’horlogerie.

En 2008, la donation Raymond Beaumann enrichit le Musée d’un fonds important de montres, machines, outillage, brevets et documents relatant l’histoire de cette manufacture sise durant trois générations dans le village franc-montagnard des Bois. Une partie significative de cette donation est exposée dans la salle d’horlogerie.

Le MHDP possède en outre de nombreuses montres anciennes manufacturées dans la région, dont certaines issues des usines Phénix, Perfecta, Hélios, Paul Jobin, Tavannes Watch et bien d’autres.