Outre le Trésor de l’Eglise St-Pierre exposé dans les salles permanentes du Musée, on trouve dans les réserves d’autres objets provenant de paroisses ou de familles de la région.

D’autre part, le MHDP conserve un ensemble significatif d’objets cultuels israélites. La synagogue de Porrentruy ayant été démolie en 1983 et la communauté juive ayant singulièrement décru à la fin du XXe siècle, tous les objets de culte de la Communauté israélite de Porrentruy ont été légués au MHDP en 1999. Rouleaux de Torah, mappoth, livres de prière, coupes, chofar, yad, chandeliers ou encore habits de culte ont ainsi rejoint la collection.